یک نژاد بیگانه به نام گونا زمین را ویران کرده و بشریت را در تلاش برای بقا در سفینه فضایی سیدونیا رها کرده است. با اینکه یک قرن از آخرین برخورد با گونا می‌گذرد، خدمت نظامی اجباری است. برای ناگاته تانی‌کازه، که پدربزرگش او را به طور مخفیانه در اعماق فراموش‌شده سیدونیا پنهان کرده، این یک دنیای عجیب و جدید است زیرا او مجبور است به سطح بیاید. اما استخدام او به موقع انجام می‌شود، زیرا گونا به طور ناگهانی دوباره ظاهر شده‌اند.