در پاسخ به افزایش نرخ جرم و جنایت، ژاپن دبیرستان بوتی توکیو را ایجاد می‌کند، یک آکادمی نخبگان که در آن "بوتی" یا کارآگاهان مسلح مهارت‌های کشنده خود را برای تبدیل شدن به عوامل عدالت شبیه مزدوران پرورش می‌دهند. یکی از این بوتی‌ها، کینجی تویااما است، یک دانش‌آموز انزواطلب و بی‌ادب که قبلاً دانش‌آموز بخش حمله بوده است. کینجی اکنون زندگی راحتی را با مطالعه لجستیک می‌گذراند تا قدرت ویژه و شرم‌آور خود را پنهان کند. اما روزهای آرام او به زودی به پایان می‌رسد زمانی که هدف "قاتل بوتی" معروف می‌شود و با طوفانی عاطفی و نابغه‌ای پرحرف به نام آریا هولمز کانزاکی روبرو می‌شود که جان کینجی را نجات می‌دهد و از او می‌خواهد که شریکش شود.