کشتی فضایی یاماتو

در سال ۲۱۹۹، پنج سال از آغاز تهاجم گامیلون ها به زمین گذشته است و سیاره انسان‌ها زیر بمباران بیگانگان نابود شده است. بقایای انسانیت به زیر زمین پناه برده‌اند تا از سطح تابش دفع شوند. روزی، کاپیتان سابق سوسو کودای کپسولی می‌بیند که از سیاره ایسکاندر فرستاده شده و دستگاهی را می‌گوید که تابش را از سطح زمین پاک می‌کند. نیروهای دفاعی زمین با بازسازی ناو جنگی یاماتو با نوعی سیستم پیشرانه جدید قصد دارند سفر ۱۴۸٬۰۰۰ سال نوری به ایسکاندر را برای نجات زمین آغاز کنند. طی یک سال تابش انسان‌ها را به انقراض می‌رساند.